İddianamede; MGK eski Genel Sekreteri Emekli Orgeneral Tuncer Kılınç, Emekli Tümgeneral Erdal Şenel, Albay Cengiz Köylü, Albay Mustafa Koç, Başkent Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mehmet Haberal, Mustafa Özbek, İnönü Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu, 19 Mayıs Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Ferit Bernay, Uludağ Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Mustafa Yurtkuran, Giresun Üniversitesi eski Rektörü Prof. Dr. Osman Metin Öztürk, eski Özel Harekat Dairesi Başkanvekili İbrahim Şahin, Yazar Yalçın Küçük, Prof. Dr. Erol Manisalı ve muvazzaf subaylar ile özel harekatçı polislerin de yer aldığı 37'si tutuklu 52 sanık yer alıyor.
İddianamenin giriş bölümünde örgüt çerçevesinde daha önce yapılan soruşturmalar ve açılan davalar özetleniyor. Örgütün gerçekleştirmeyi planladığı ve gerçekleştirdiği iddia edilen eylemler, suikast planları ve el konulan silahlar anlatılıyor. İkinci bölümde ise, şüphelilerin bireysel durumları anlatılıyor, isnat edilen suçlar ve uygulanması talep edilen yasa maddelerine yer veriliyor.
İddianamede yer alan suçlamalar şöyle: "Açıklanması Yasaklanan Gizli Bilgileri Temin Etme, Bıcak veya Diğer Aletleri İzinsiz Olarak Satma Satın Alma Taşıma veya Bulundurma, Devletin Güvenliğine İlişkin Belgeleri Tahrip Etme Amacı Dışında Kullanma Hile İle Alma Çalma, Devletin Güvenliğine İlişkin Gizli Belgeleri Temin Etme, Hukuka Aykırı Olarak Kişiler Verileri Kaydetmek, Hukuka Aykırı Olarak Kişisel Verileri Kaydetmek, Pek Az Sayıda Mermi Bulundurma veya Taşıma, Ruhsatsız Ateşli Silahlarla Mermileri Satın Alma veya Taşıma veya Bulundurma, Sayı ve Nitelik Bakımından Vahim Olan Silah veya Mermileri Satın Alınması Taşınması Bulundurulması, Silahlı Terör Örgütü Kurma veya Yönetme, Silahlı Terör Örgütüne Üye Olma, Tehlikeli Maddeleri İzinsiz Olarak Bulundurma veya El Değiştirme, Türkiye Büyük Millet Meclisini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme, Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme, Örgüte Bilerek İsteyerek Yardım Etme, Özel Hayata İlişkin Görüntü ve Sesleri İfşa Etmek, Özel Hayatın Gizliliğini İhlal Etmek"
Haklarında dava açılan sanıkların isimleri ise şöyle; Mehmet Haberal, Yalçın Küçük, Halil Kemal Gürüz, Mustafa Koç, Ersin Gönenci, Oğuz Bulut, İbrahim Şahin, Mustafa Özbek, Mustafa Levent Göktaş, Rıza Ferit Bernay, Taylan Özgür Kırmızı, Mustafa Abbas Yurtkuran, Ünal İnanç, Muhterem Bağcı, Hüdayi Ünlüer, Fatih Hilmioğlu, İlhan Bulayır, Zerrar Atik, Fahri Kepek, İlyas Çınar, Oğuzhan Sağıroğlu, Erdal Şahin, Engin aydın, Erbay Çolakoğlu, Cengiz Köylü, Cihandar Hasanhanoğlu, Muhammed Sarıkaya, Fatma Cengiz, Yaşar Oğuz şahin, Muhittin Erdal Şenel, Mehmet Koral, Tunçer Kılınç, Münür Kemal Yavuz, Hasan Ataman Yıldırım, Hüseyin Vural Vural, Mustafa Dönmez, Murat Eke, Cihan Arık, Ali Oktay Şahbaz, Onur Özdemir, Emre Baltacı, Melih Yüksel, Servet Kaynak, Fahri Süslü, Kemalettin Balcı, Bülent Güngördü, Murat Çavdar, Mehmet Dalagan, Ayhan Atabek, Kenan Temur, Erol Manisalı ve Mustafa Hüseyin Buzoğlu..
İddianamede mağdur olarak da; Ermeni Patriği Mutafyan ve Minas Durmazgüler ile müşteki olarak ise Alevi Bektaşi Federasyonu Başkanı Ali Balkız ve Kazım Genç'in ismi yer alıyor.
