11. Ceza Dairesi, 'kayıp trilyon' davasında Gül hakkında kovuşturmaya yer olmadığına dair Ankara Başsavcılığı'nın takipsizlik kararını kaldıran hükmü 'kanun yararına' bozdu. Konuyu 1 yıl sonra ele alan Yargıtay, Cahit Nalbantoğlu isimli şahsın 'itiraz hakkı bulunmadığına' hükmetti. İnternete düşen ses kaydında Yargıtay üyesi Hamdi Yaver Aktan olduğu iddia edilen kişi, dosyanın kasıtlı olarak Yargıtay'da bekletildiğini söylüyordu.
Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, Cumhurbaşkanı Gül hakkında 'özel evrakta sahtecilik' ve 'Siyasi Partiler Kanunu'na aykırılık' iddialarıyla açılan soruşturma sonunda 'kovuşturma yapılmasına yer olmadığına' karar vermişti. Başsavcılığın kararına emekli Yargıtay Üyesi Cahit Nalbantoğlu, 15 Temmuz 2008 tarihli dilekçesiyle itirazda bulunmuştu. Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi Başkanı Osman Kaçmaz, Nalbantoğlu'nun itirazı üzerine Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın Gül hakkındaki takipsizlik kararını kaldırmıştı. Nalbantoğlu'nun CMK'ya göre davanın zarar göreni olmadığı, Anayasa'ya göre de cumhurbaşkanının vatana ihanet suçlaması dışında yargılanamayacağı belirtilerek, Kaçmaz'ın kararının Anayasa'ya aykırı olduğu vurgulanmıştı. Başsavcılığın kararın bozulması yönündeki talebi üzerine Adalet Bakanlığı, Yargıtay'a 'kanun yararına bozulması' başvurusunda bulunmuştu.
Yargıtay 11. Ceza Dairesi, bakanlığın kanun yararına bozma talebini yaklaşık bir yıl sonra gündemine aldı. Daire, Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararını bozdu. Daire'nin Kaçmaz'ın kararının esasına girmeden, usulü aykırılıkları gerekçe göstererek bozduğu kaydedildi. Kararda, itiraz eden Nalbantoğlu'nun davanın doğrudan zarar göreni olmadığı, bu nedenle itiraz hakkı bulunmadığı belirtildi.
Yargıtay'ın kararına Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığı'nın itiraz hakkı bulunduğu, ancak başsavcılığın usul hatası sebebiyle verilen bozma kararına itiraz etmeyeceği vurgulanıyor. İtiraz edilmesi halinde son kararı Yargıtay Ceza Genel Kurulu verecek. İtiraz edilmemesi durumunda dairenin kararı kesin nitelik taşıyor. Kararın kesinleşmesinin ardından dosya Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın arşivinde tutulacak. Kaçmaz, bozma kararına ikinci kez bakamayacak.
Cumhurbaşkanı hakkındaki dava Yargıtay Üyesi Hamdi Yaver Aktan'a ait olduğu öne sürülen ses kaydında da geçiyordu. Aktan'ın olduğu iddia edilen ses kaydında şu ifadeler yer alıyordu: "Reisicumhur'un dosyası orada. Sataşırlarsa canına okur. Onlar farkında işin. 3. kişi takipsizliğe itiraz edemez. Zarar gören kavramı müdahillikle ilgili... Orada benim yorumum var, Danıştay'ın kararı var, ilgili kişi genişletti... Bunu şimdi Ersan'a anlattık, Ersan pek yanaşmadı, şimdi bizim görüşümüze geldi... Cumhurbaşkanı'nın dosyasını sakın karara çıkarma, beklet kuyruğu sende adamın, İstanbul'da bir profesöre yazı yazdıracağım..."
Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 'kovuşturmaya yer olmadığı' kararına rağmen Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'e yargı yolunu açma girişiminde bulunan Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi'nin Anayasa ihlalinin yanında usul hatası yaptığı belirtilmişti. Tartışmaların odağındaki Mahkeme Başkanı Osman Kaçmaz'ın yasal sürenin dolmasından 28 gün sonra verilen dilekçeyi işleme koyduğu belirlenmişti. Mahkemenin 'Kayıp trilyon davasında vergilerim zarara uğratıldı' diyen eski Yargıtay üyesi Cahit Nalbantoğlu'nu davanın zarar göreni olarak kabul etmesi de ikinci bir usul hatası olarak değerlendirilmişti. Çünkü başsavcılığın Gül ile ilgili verdiği takipsizlik kararına ancak "suçtan zarar gördüğü" varsayılan Maliye Bakanlığı'nın itiraz edebileceği ifade ediliyor. 'Kayıp trilyon'la ilgili hem ceza hem de alacak davasında Hazine adına Maliye Bakanlığı müdahil olmuştu.