Özel yetkili savcılık tarafından yürütülen soruşturma kapsamında, Büyükanıt'tan sonraki Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, geçen hafta tutuklanmıştı. Başbuğ'un savunması sırasında andıcın kendinden önceki dönemde hazırlandığını ifade ederek savcılığa bazı belgeler sunduğu belirtildi. Söz konusu belgelerde Büyükanıt'la ilgili delillerin bulunduğu ve bunların incelendiği öne sürüldü.
Mahkemedeki savunmasında İnternet Andıcı'nın Büyükanıt döneminde hazırlandığına işaret eden Başbuğ, "Ben 2008 yılı 30 Ağustos tarihinde Genelkurmay Başkanlığı görevime başladım. 4 Şubat 2009 tarihinde bu internet siteleriyle ilgili olarak bir haber yayınlandı. Haber üzerine yaptığımız ilk incelemede şekil ve teknik açıdan bu sitelerin kanuna uygun olmadığı bilgisi verildiğinde siteleri kapattırdım. Bu sitelerin son güncelleme tarihlerine bakıldığında benim görev sürem öncesidir." demişti. Edinilen bilgilere göre, bununla ilgili sunulan deliller soruşturmayı yürüten İstanbul Özel Yetkili Cumhuriyet Savcısı Cihan Kansız tarafından incelemeye alındı. Savcılığın, yapacağı incelemenin neticesinde aralarında Büyükanıt'ın da bulunduğu bazı isimleri ifadeye çağırıp çağırmayacağına karar vereceği öğrenildi.
Büyükanıt, cumhurbaşkanlığı seçim sürecinde, TSK'nın internet sitesinde yayınlanan '27 Nisan' bildirisiyle gündeme gelmişti.. Bildiride hükümete yönelik ağır eleştiriler yer alıyordu. Yaşar Büyükanıt, söz konusu bildiriyi kendisinin kaleme aldığını da söylemişti.
