Kamuoyu, Balyoz darbe planını geçtiğimiz yıl ocak ayında Taraf'ta yayımlanan haberlerle öğrendi. AK Parti hükümetini devirmek için 1. Ordu bünyesinde hazırlandığı ileri sürülen darbe planı, milleti galeyana getirmek ve ülkeyi kaosa sürüklemek için camileri bombalamayı, Türk jetlerini düşürmeyi, milleti stadyumlarda toplamayı öngörüyordu. İddiaya göre, dönemin 1. Ordu Komutanı Çetin Doğan'ın liderliğinde toplanan cuntacılar, 12 Eylül askeri darbesini örnek almıştı. Darbenin plan semineri yine 1. Ordu'da 5-7 Mart 2003 tarihleri arasında yapılmıştı. İddianameye de giren ses kayıtlarında seminere katılan generallerin, AK Parti hükümetinden duydukları rahatsızlık net olarak ortaya konuyordu.
İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, Taraf'ta yayımlanan haber üzerine derhal soruşturma başlattı. Adı geçen isimlere yönelik operasyon düzenlendi ve ilk iddianame Temmuz 2010'da kabul edildi. İddianamede, tüm şüphelilerin 15 ile 20 yıl arasında hapis cezası öngören ve 'Türkiye Cumhuriyeti icra vekilleri heyetini, cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etmeye teşebbüs' suçunu düzenleyen eski TCK'nın 147. ve 61. maddeleri gereğince cezalandırılmaları isteniyor. Şu ifadelere yer veriliyor: "Dönemin Genelkurmay başkanı ve kuvvet komutanlarının dahil olmadıkları anlaşılan, şüphelilerin ordu bünyesindeki askeri hiyerarşi dışında bu amaçla bir yapılanma oluşturdukları (tespit edilmiştir.) Kurulan bu suç örgütünün darbe yaparak hükümeti yıkmaya yönelik, öncelikle Balyoz Güvenlik Harekat Planı adı altında demokratik yollardan işbaşına gelmiş hükümeti antidemokratik yollarla yönetimden uzaklaştırma amacıyla çok kapsamlı ve ayrıntılı bir plan hazırladığı (belirlenmiştir.) Bu planda hükümet ile işbirliği içerisinde olduğu vurgusu yapılan ve irticai olarak nitelenen grupların da tek ferdi kalmayacak şekilde ortadan kaldırılmasının hedeflendiği görülmektedir.''
İlk duruşması ise 16 Aralık 2010'da görüldü. Bu arada soruşturma sürdü. İkinci iddianamenin ardından kabul edilen üçüncü iddianameyle de soruşturma tamamlandı. Birinci ve ikinci iddianame birleştirildi. Birleştirme talepli üçüncü iddianamenin ilk duruşması ise 26 Aralık 2011'de yapılacak. Söz konusu iddianamenin 66'sı tutuklu 143 sanığı bulunuyor. Davadaki toplam sanık sayısı ise 367.
Soruşturma sürerken sanıkların yargılanmasına da devam edildi. Dün davanın 55. duruşması görüldü. İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nce Silivri'de görülen duruşmayı CHP İstanbul milletvekilleri Nur Serter, Umut Oran ve Ali Özgündüz de izledi. Duruşmada tutuklu sanıkların savunmalarının tamamlanmasının ardından, sıra tutuksuz sanıklardaydı. Tutuksuz yargılanan Yarbay Tülay Delibaş savunmasını yaptı. Duruşma 5 Aralık Pazartesi gününe ertelendi. Bu arada, davanın tutuklu sanıklarından Tümgeneral Recep Rıfkı Durusoy'un (60), Silivri 4 No'lu Cezaevi'nde 28 yaşındaki Melike Kaynak ile evlendiği öğrenildi.
